Un día más tarde, un comando militar lo emboscó con el objetivo de capturarlo Rodolfo Walsh murió defendiéndose, en medio de un operativo de un Grupo de Tareas que intentaba secuestrarlo en la esquina de San Juan y Entre Ríos. Su cuerpo fue trasladado con vida, al centro de detención que funcionaba en la Escuela de Mecánica de la Armada y aun hoy – a treinta años del hecho- no apareció
Rodolfo Walsh es el más cabal ejemplo de lo que debe ser un periodista y su deber. Un periodista no puede ni debe esconderse detrás del disfraz de la imparcialidad «objetivista», el deber de cada periodista, como testigo escriba de la realidad no es reportarla solamente sino cargar con ella y admitir que se es parte de la misma. Jamás un periodista puede manejar la información como un biólogo analiza la materia desde un tubo de ensayo, y Walsh marcó ese camino, no sólo con sus escritos, sino con su ejemplo. Walsh era un periodista militante, y en ello dejó la vida. Se puede afirmar que Walsh, con una enorme formación cultural, estuvo lejos del vedetismo, y Rodolfo Walsh, como decía Oesterheld, era un «héroe en grupo», jamás individual, aunque su obra le merece los lauros que le corresponden como ser humano
Walsh no sólo hacía periodismo, aunque algunos busquen acotarlo a esa etiqueta ocultando su rol de militante popular. Era también un destacado escritor que supo mezclar la ficción aplicándola a la realidad. En el mundo de las academias de periodismo se enseñaba la obra de Truman Capote, «A sangre fría» (1966) como la primer novela periodística, inaugurando un género que sería explotado de ahí en más. Pero esto fue producto de entregarle el premio a un escritor de un país central. Sin quitarle méritos a Capote, en los últimos años y en el mundo entero, «Operación Masacre» es aceptada como la primer obra en su género y Walsh como fundador del mismo, y camino que seguiría transitando en trabajos como «¿Quién mató a Rosendo?» o «El caso Satanowsky».
Apasionado de la investigación, Walsh participó en Cuba de la fundación de la agencia Prensa Latina, donde volcó toda su inteligencia en la sección «Servicios Especiales». Fue él mismo quien desencintaría un cable de una embajada del imperio estadounidense y descubriera cuándo y donde se daría lo que luego fue la invasión a Playa Girón: el resultado fue que la gusanera entrenada por la CIA y con apoyo aéreo estadounidense, se encontró con que al momento de querer desembarcar, todas las fuerzas revolucionarias repelieron la agresión del Imperio. Walsh, desde una
pequeña oficina del barrio El Vedado, entre papeles y cables, había prestado un servicio que visto a la luz de la historia, fue crucial.
Dicen que Walsh integró con Carlos Caride, Horacio «el Lauchón» Mendizábal y Dardo Cabo, entre otros, el grupo que el 30 de junio de 1969 asesinó a Augusto Timoteo Vandor en la sede de la Unión Obrera Metalúrgica, en la calle La Rioja 1945 de Buenos Aires y que se identificó como «Ejército Nacional Revolucionario» en un «Parte de guerra» que comienza: 
«Al pueblo de la Patria: Siendo las 11.36 hs. del 30 de junio de 1969, el Comando «Héroe de la Resistencia Domingo Blajaquis» del Ejército Nacional Revolucionario que ocupó el local de la UOM, sito en la calle La Rioja 1945, cumpliendo el «Operativo Judas», procedió al ajusticiamiento del traidor Augusto Timoteo Vandor, complementando la acción con la voladura parcial del edificio para no afectar fincas vecinas. Este objetivo fue dispuesto en razón de los cargos comprobados que se detallan a continuación.» Dardo Cabo reconoció públicamente que él había confeccionado los planos de la UOM para la operación, y que Rodolfo Walsh había hecho la planificación de la misma. El relato de la operación se publicó en el número 41 de la revista El Descamisado, que Dardo Cabo dirigía, aparecido el 26 de febrero de 1974.
El 29 de septiembre de 1976 su hija María Victoria (su nombre de guerra era «Hilda», y «Vicki» para los familiares y amigos), oficial 2da. de la organización Montoneros, murió en un enfrentamiento con el Ejército, el día posterior a su cumpleaños 26 (fue llamado «El combate de la calle Corro»).
Al verse rodeada y sin posibilidad de escape en la terraza de la casa, ella y Alberto Molina, el último sobreviviente, levantaron los brazos y tras un breve discurso que finalizó con la frase «ustedes no nos matan, nosotros elegimos morir», tanto Alberto como Vicki se dispararon en la sien. En diciembre de ese año Walsh publicó un mensaje -en el que relata las circunstancias del hecho- llamado Carta a mis amigos. El mismo año en Mendoza, su amigo Paco Urondo que militaba en Montoneros, para evitar su posible detención en un puesto de control militar ubicado en la calle se suicidó con una pastilla de cianuro siguiendo así una directiva de la conducción. El 25 de marzo de 1977, un día después de fechada su Carta Abierta de un Escritor a la Junta Militar, las versiones afirman que Rodolfo Walsh se encontraba a pie cerca del cruce de las avenidas San Juan y Entre Ríos, en Buenos Aires, (según la investigadora Natalia Vinelli «después de enviar por correo los primeros ejemplares -de la carta- en un buzón de Plaza Constitución»), cuando un grupo de tareas de la Escuela de Mecánica de la Armada le dio la orden de entregarse pero Walsh se resistió con el arma que llevaba y fue herido.
Los integrantes de ese grupo están siendo juzgados por el secuestro y muerte del escritor. Los acusados, quienes según la Cámara «paseaban a secuestrados en automóvil» para identificar a Walsh, también llevaron a quien «cantó» esa cita que el escritor tenía en el lugar donde se lo secuestró. Ricardo Coquet, un sobreviviente que testificó ante el juez Torres, relató que uno de los imputados, el ex oficial Weber, le contó orgulloso: «Lo bajamos a Walsh. El hijo de puta se parapetó detrás de un árbol y se defendía con una 22. Lo cagamos a tiros y no se caía el hijo de puta».
Según declaraciones de detenidos que sobrevivieron, en la ESMA (Escuela Mecánica de la Armada) su cuerpo fue exhibido posteriormente a los secuestrados. La personalidad de Rodolfo Walsh ha sido destacada en los ámbitos literarios como un caso paradigmático de la tensión entre el intelectual y la política, o entre el escritor y el compromiso revolucionario. No obstante, el mismo Rodolfo Walsh se consideraba un combatiente revolucionario antes que un escritor, y así lo manifestaba públicamente.
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